В 10 веке на Афон пришли христиане разных национальностей. Среди них бенедиктинцы Амальфийцы, основавшие монастырь мальфийцев, который сохранился и после раскола, как час Лавры, под названием «Морфинов, грузины, славы, русские и болгары, которые основали здесь свои монастыри и тем самым способствовали тому, что Святая Гора Афон стала центром христианства и образцом истинной веры. В этот период были основаны большие монастыри: Великой Лавры, Ватопед, Иверон. Одновременно были заложены фундаменты для более маленьких монастырей (Дохиар, Ксенофонт, Филофей и др.)
В период римского господства, с 1204 года Святая Гора подвергалась грабежу и насилию, чему пришел конец в 1224 году, когда господарь материка Федор Комнин освободил Македонию. Немногим позже, вождей материка сменили болгары, которые, расширив свою церковную власть в регионе, проникли и на Афон.
В 14 веке сербский король Стефан Душан захватил большинство районов Греции и, посетив Св. Гору, предоставил щедрую помощь, главным образом, монастырям Хиландар и Лавры, усиливая, таким образом, сербское влияние на них.
Конец 14 века - период расцвета Святой Горы. В это время основываются новые монастыри и налаживаются тесные связи с Патриархией. В этот период появляется движение исихастов под предводительством Григория Паламы- впоследствии Митрополита Салоникского (1296-1359). Это движение дало новый толчок духовности монашеской жизни.
Затем последовал период запустения Святой Горы, впоследствии постоянных набегов каталонцев. Однако, проживающие здесь монахи попытались восстановить монашескую жизнь, возвратив Закон Духовного Главы монастырей. Этот закон был утвержден Золотой Буллой императора Андроника II Палеолога.
После ликвидации сербского господства, Македония была захвачена турками. Первые турецкие войска появились на Горе в 1380 г. под предводительством Мурата I, который дал ей привилегии и внутреннюю самостоятельность в обмен на уплату 130.000 аспрон в год. Тем не менее, еще до 15 в. монастыри поэтапно были приведены к запустению из-за нищеты, вызванной огромными налогами и периодическими грабежами. В результате всего этого на Святой Горе осталось всего 20 монастырей, которыми и ограничивалась ее территория.
Монашеская жизнь на Святой Горе прошла через все этапы: от отшельничества к общежительству. Лавры были заменены скитами, малые монастыри превратились в большие келий, ставшие маленькими киновиями (общинами). Многие направились в скиты и келий, а оставшиеся в монастырях попытались ввести своебразную систему ведения литургии. Эта система должна была блокировать (отменить) Монастырский Устав Иеремия П (1574г.). Однако попытка оказалась безрезультатной. Через несколько десятилетий был вновь введен особый Монастырский Устав, который в последующие века распространился по всем монастырям, в результате чего был приостановлен процесс упадка монашества.
В середине 18 века в монастыре Ватопед была создана церковная школа Афониада. Ее директором был назначен Евгений Вулгарис, бывший до этого времени директором 2-й школы г.Иоаннина (1753г.). Большинство монахов, однако, считало, что школа эта будет способствовать появлению новой ереси. В связи с этим, через 7 лет после открытия, руководство школы перешло в руки консерваторов Неофита Кавсокаливиты (1713-1784) и Афонасия Париоса (1722-1813), которые были так же представителями духовного движения «калливадов». Целью этого движения был возврат к истинности и очищению церкви от чуждых ей элементов, которые бы искажали ее истину.
В период подъема национально-освободительного движения в Греции в 1828 году монахи воспряли духом и провозгласили главнокомандующим Македонии Эммануила Папа, который направившись с войском в Салоники, потерпел поражение в Редине, в результате чего, турки за девять лет соорудили в монастырях мощные крепости, отменили все привилегии и начали набеги и грабежи.
В период турецкого господства православные разных национальностей пришли на Святую Гору, чтобы отречься от мира и вести отшельническую жизнь.
В 19 веке, в результате пробуждения национального самосознания балканских народов и обострения экспансионистской политики России, началась конкуренция по строительству монастырей между русскими, болгарами, румынами и сербами. Сначала болгары из монастыря Зограф, а позднее из монастыря Хиландар, в 1835 г., переделали в общежительный Скит старую келию Ксилурга, дав ей название Богородицы. В 19 веке русские вновь пришли в монастырь Пантелеймона. В 1839г. они захватили Скит Пророка Илии, а в 1849г - Келию св. Андрея, превратив их в общежительные скиты. В 1855г. румыны основали близ Лавры общежительный Скит св. Предтечи, но им так и не удалось сделать его монастырем. И, наконец, сербы подчинили себе монастырь Хиландар. В 1824г. вновь создана церковная школа Афониада, действующая с перерывами и по сей день.
В 1912г. греческий Морской Флот, во главе с броненосцем «Авероф» и четырьмя эскадронными миноносцами высадил десант в гавани города Кариес - Дафни, который водрузил там греческий флаг.
Статус Святой Горы (1924) и все действующие конституции определяют Святую Гору, как самоуправляемую часть греческого государства, действующую под духовным ведомством Вселенского Патриарха и управляемую 20 суверенными монастырями, находящимися под наблюдением государственных властей.